L’interesse di Bauer per l’arte iniziò fin dalla giovane età: sfidando il giudizio e la contrarietà dei suoi familiari, si iscrisse all’Accademia di Belle Arti di Berlino-Charlottenburg. Poco dopo lasciò l’accademia e iniziò a lavorare disegnando vignette politiche e caricature che vendeva a riviste e giornali riuscendo così a sostenersi per proseguire la propria arte. Nel 1915 cominciò a frequentare una cerchia di artisti d’avanguardia come Wassily Kandinsky che erano affiliati con la Galleria Der Sturm di Herwarth Walden, dove Bauer iniziò ad esporre i propri lavori, e scrivendo per la rivista di Herwarth Walden.Fu proprio in quella galleria nel 1916 che Bauer incontrò Hilla Von Rebay, baronessa e artista tedesca, che divenne la sua musa. I due iniziarono una relazione e un sodalizio lavorativo fatto di alti e bassi durato quasi tre decenni.
Bauer nel suo percorso artistico sperimentò sia forme di espressione rappresentative che non rappresentative, tra cui l’impressionismo e l’espressionismo.
Dal 1917 al 1920 Rudolf Bauer tenne mostre presso la Galleria Der Sturm; nello stesso periodo fondò due gruppi di artisti d’avanguardia: Il Novembergruppe nel 1918, associazione di architetti e artisti legati all’avanguardia.
Nel 1920 insieme a Hilla Von Rebay e l’artista Otto Nebel fondò il DieKrater il cui scopo risiedeva nella convinzione che la pittura doveva essere l’espressione visiva dell’esperienza artistica.Nello stesso anno le opere di Rudolf Bauer iniziarono a circolare nelle case di collezionisti americani grazie all’aiuto di Katherine Dreier.
Bauer allestì mostre personali al Palazzo Reale di Berlino, mentre Hilla Von Rebay emigrò negli Stati Uniti, portando con sé esempi di arte di Bauer e riuscendo a introdurlo nella cerchia ristretta del mecenate americano di Solomon Guggenheim, il quale fu immediatamente preso dai lavori di Bauer. Hilla Von Rebay iniziò anche a consigliare a Guggenheim di creare un museo per l’arte non oggettiva, suggerendo Bauer come elemento principale della collezione.
La carriera di Bauer fu in continua ascesa sia in patria che all’estero e con il denaro guadagnato dalla vendita di opere a Solomon Guggenheim, Bauer nel 1930 aprì un piccolo museo chiamato Das Geistreich (“Il regno dello spirito”), in cui espose le proprie opere e quelle di Kandinsky.Dagli anni ’30 i suoi lavori si concentrarono sulle forme geometriche come i cerchi, esposti anche nel Museo di arte moderna di New York e al The Arts Club di Chicago.
Nel 1936 Bauer, insieme a Paul Klee, Marc Chagall, Albert Gleizes e Robert Delaunay, fu incluso nella prima mostra della collezione tenutasi alla Gibbes Memorial Art Gallery di Charleston nella Carolina del Sud.
Nel medesimo tempo, la baronessa e Guggenheim lavoravano a stretto contatto per la realizzazione del museo istituendo la Fondazione Guggenheim.
Solomon Guggenheim assunse la baronessa Hilla Von Rebay come capo curatore della sua collezione d’arte, dove molte idee di realizazzione legate al design del museo erano di Rudolf Bauer, come l’utilizzo di rampe piuttosto che scale tra i piani in modo che l’arte in mostra potesse essere vista senza interruzioni.
Mentre negli Usa la carriera di Bauer era in continuo progresso, in Germania con l’avvento del nazismo, Bauer iniziò a capire che la sua situazione a Berlino stava diventando precaria. Il suo museo venne chiuso e classificato dal partito nazista come arte degenerata, venendo arrestato poco dopo.
Poco dopo, grazie ai fondi di Guggenheim, la baronessa Von Rebay si recò a Berlino per negoziare la liberazione di Bauer che emigrò negli Stati Uniti nel 1939, anno in cui fu incluso nella prima mostra del museo della prima edizione dell’istituzione Guggenheim, chiamata Museum of non-objective Painting, situato sulla 54th Street di Manhattan.
Dopo diversi mesi Guggenheim offrì a Bauer una villa vicino all’oceano nel New Jersey, un’auto, una cameriera e uno stipendio annuale; in cambio avrebbe dovuto donare tutte le opere di sua proprietà e di quelle che avrebbe continuato a creare a Solomon Guggenheim. Parlando poco inglese e sotto la pressione di Rebay per firmare il contratto, Bauer fraintese molte delle clausole inserite e, poco dopo la firma, quando ebbe il tempo di tradurre il contratto in dettaglio, si rese conto che aveva rinunciato al lavoro della sua vita e non avrebbe effettivamente posseduto nessuno dei lussi che Guggenheim gli offrì e, arrabbiato e deluso, promise che non avrebbe più dipinto e si ritirò dall’accordo.Alla morte di Solomon Guggenheim prese il comando il nipote Harry, che divenne supervisore del progetto, il quale aveva meno interesse per l’arte oggettiva e condusse il museo in altre direzioni, allontanando sia la baronessa che l’influenza di Bauer.
Le sue opere, quindi, furono raramente esposte al Museo oscurando il suo ruolo nella creazione del Museo Guggenheim.
Fu soltanto nel 2005, con una mostra dedicata a Hilla Von Rebay, che Rudolf Bauer fu riconosciuto come un’artista importante del movimento non oggettivo.